延至午夜，马新贻终不治身亡。这正中慈禧下怀，顺水推舟，同意裁剪军队，同时为安抚曾国藩，又命他担任两江总督。此外，还有人认为，马新贻被杀与太平天国宝藏有关。案发后，清廷发出上谕，令江宁将军魁玉等人对此案严行讯究。并以此拟定罪名结案。为稳定江南人心，清廷又谕令曾国藩回任两江总督，并加派刑部尚书郑敦谨为钦差大臣，携带刑部两名郎中即刻赴江宁复审。于是仍按原拟罪名定案。一件大案至此，似乎已成定论。
“杀我兄弟手足者，必杀之！”这是电影《投名状》中的经典台词，该片以镇压太平天国运动为背景，展现了庞青云、赵二虎、姜午阳三个结拜兄弟之间的恩仇纠葛，最终庞青云在就任两江总督之前被人刺杀。这个电影的原型，就是晚清第一刺杀案“刺马案”。
1870年（同治九年）7月22日上午，两江总督马新贻阅兵完毕，在警卫的簇拥下步行回督署。行至便门时，突然有人拦路下跪要求救济，马新贻与随从护卫的注意力都被此人吸引，正在此时，道旁突然窜出一人，向马新贻打千请安，而转瞬间，此人从靴筒拔出一把利刃，随行军士救护不及，直刺入马新贻右胁。警卫一拥而上将刺客抓获，刺客不停地叫喊：“养兵千日，用兵一时。”“有来有去。”“大丈夫一人做事一人当。”延至午夜，马新贻终不治身亡。
此事顿时震惊清廷。清朝总督，威仪甚重，两江总督驻守江宁（南京），掌控三省，更是国之重臣，身边警卫森严，竟然被人轻易刺杀，背后定有重大阴谋。慈禧太后与同治帝深为骇异，当天即将直隶总督曾国藩召到宫中商量。
同治皇帝说到：“此等事只有在唐朝发生过，唐宪宗时宰相武元衡被藩镇刺杀，没想到一千年后竟发生在我朝！”
慈禧太后则冷冷地看着曾国藩，话中有话地问道：“这事岂不甚奇？”曾国藩正是上一任的两江总督，听到慈禧问话，顿时冷汗直冒，急忙诚惶诚恐地回答：“这事确实很奇。”之后却再也不敢说什么了。
曾国藩为什么会冷汗直冒呢？这就牵扯到清中央政府与湘军的关系。为镇压太平天国，清廷不得不倚重湘军，但对湘军又心存疑忌，到平定太平天国之后，湘军立即成为满清权贵的心腹之患，令其寝食不安。曾国藩心里自然明白，兔死狗烹是历史的常态，要避免这样的下场，只有两种办法，一是干脆倒戈，推到了朝廷自己干；二是主动缴权，以释主之疑。曾国藩采取了第二种办法，自己主动上书，请求裁撤湘军。这正中慈禧下怀，顺水推舟，同意裁剪军队，同时为安抚曾国藩，又命他担任两江总督。
但这样仍不能让慈禧等人放心，因为在同治初年，八个地方总督席位，湘淮系常占五位；十六个巡抚席位，湘淮系经常保持十一位以上，至于其他中低级官员更是数不胜数，大有尾大不掉之势。为此，2年之后，慈禧便将曾国藩从两江总督调任直隶总督，远离他的老窝，换马新贻任两江总督。马新贻只有47岁，是个精明干练的文官，是朝廷培养的政治新贵，让他出任两江总督，其实就是后世所谓的“掺沙子”，让他制约湘军出身的官僚。
马新贻既无赫赫战功，也无特殊政绩，湘军老将自然是不服气，愤愤不平。而马新贻上任之后的举措，更是让有些人深感不满。尤其是湘军士卒被裁撤后，很多并不回乡务农，而是到处游荡掳掠，有些人参加了“哥老会”，成为危害一方的散兵游勇。马新贻在惩治散兵游勇时非常严厉，抓到为害百姓的即就地正法，散兵游勇对他恨之入骨。
此外，还有人认为，马新贻被杀与太平天国宝藏有关。太平天国在天京经营十年，据说积聚金银财宝无数。但天京在被湘军“九帅”曾国荃攻陷后，这笔财宝却不翼而飞，曾国荃还纵兵将天王府一火焚之。当时朝廷曾让时任两江总督的曾国藩查报太平天国国库的下落，曾国藩上奏说，破天京时，天王府一场大火烧得片瓦无存，没有留下什么财宝。对此清廷心存疑虑，很想查清，又不敢得罪湘军集团，处于两难境地。
马新贻上任之前，据说多次被慈禧太后召见，要他秘密追查太平天国宝藏下落。据马新贻的后人说，马新贻回乡祭祖启程前，将其两位兄长招到秘室，反复叮嘱：“我此行吉凶难料，万一有不测，你们万万不得赴京告状，忍气吞声，方可自保。”如果属实，可见他身负秘密使命，而如果马新贻调查此事并有了重大进展，那他被杀人灭口也就不奇怪了。
正是因为以上原因，曾国藩感觉此事已经引起朝廷对湘军进一步的猜忌，所以才冷汗直冒、诚惶诚恐。万一此事查出幕后主使是湘军高级将领，甚至是自己的弟弟曾国荃，那朝廷很可能会借此对湘军痛下杀手。如果湘军不愿任人宰杀，势必揭竿而起进行自保，到时又是一番血雨腥风。
慈禧也有担忧，如果查明是湘军将领所为，若严厉查办，有可能激起军变，刚刚稳定的大清已经经不起折腾了；若不查办，又没法给天下交代，朝廷威严何在？
所以，此事最好的审理结局，就是此事全是刺客一己所为，没有背后主使。而最终的结果也正是如此。
案发后，清廷发出上谕，令江宁将军魁玉等人对此案严行讯究。审讯得知，刺客名叫张汶祥，河南河阳人，是个亡命之徒，原是太平天国士兵，后投降湘军，后来又被裁撤当了盗匪。结果同伙又被马新贻剿杀，只好以放印子钱（高利贷）为生，但因为马新贻对放印子钱进行整治，没有了进项，因此对马新贻记恨在心，密谋刺杀。结论是：“为自己泄愤，无另有主使各情，尚属可信。”并以此拟定罪名结案。
为稳定江南人心，清廷又谕令曾国藩回任两江总督，并加派刑部尚书郑敦谨为钦差大臣，携带刑部两名郎中即刻赴江宁复审。郑敦谨素来有“铁面无私”的称号，审了几日，也不曾动刑，张汶祥也并不改口，曾国藩坐在一旁只听不言。郑敦谨满腹疑惑，私下问曾国藩，曾淡淡地说：“看来只好照原奏之法奏结此案。”郑敦谨听后恍然顿悟，明白此案是不能再深究了。于是仍按原拟罪名定案。
最终，清政府也不得不接受这一结果，为张文祥定了一个"漏网发逆"和"复通海盗"的罪名，将张汶祥凌迟处死，剜了张汶祥的心，去祭奠马新贻，并对马新贻家属厚厚地予以抚恤。一件大案至此，似乎已成定论。然而，参审官员事后的种种异常表现，却令人觉得此案结犹未结，另有不能道破的隐情。
江苏候补道孙衣言、山东候补道袁保庆是马新贻的心腹，曾经参与审讯，因为始终没有对刺客动刑，因此对此结果极为不满，在案件结案书上，孙衣言、袁保庆坚决不“书诺”（签字）。
吏部尚书郑敦谨，本应回京复命，离开时，曾国藩依例奉上“程仪”，郑分文未取，两个郎中各受纹银500两。行至清江，郑敦谨打发两个郎中回京交旨，自己写奏折称病请求开缺。清廷不允，给郑敦谨竟自行弃官回乡，终生不再为官。那两个刑部郎中回京后不久，汉郎中颜士璋被放兰州知府然而并无实缺，贫困潦倒。满郎中伊勒通阿“给全俸以养天年”，回老家去了。
“刺马案”的真相到底是什么，谁是幕后主使至今仍是疑案，但慈禧太后明白，为了一个死去的人，冒激变地方势力、动摇大清江山的风险是不值得的。斯人已经做古，也只能含冤为大清垫背了。
刺马案产生了严重的政治影响，中央政府与湘系军阀之间的矛盾进一步加剧，慈禧加大了对湘系军阀的打压力度，让依靠湘军的兵力和财力建立起来的东南海防日益废弛，无法抵挡列强的侵略。李鸿章晚年曾说:"若非马案，则裁(湘)兵日紧，终致海防日废，列强日盛，战祸不断，则国运日衰也。"
